有益菌是指在人體腸胃生長的、對人體健康起到正面作用的細菌或真菌，包括乳酸菌類、雙歧桿菌、干酪乳酸菌、酵母菌等；有害菌是以產氣莢膜桿菌為代表的需氧菌，是能夠使人體致病的細菌，包括產氣莢膜桿菌、綠膿桿菌等。
有益菌：
1.乳酸菌類：乳酸菌可以發酵降解部分脂肪，還可在代謝過程中合成維生素B族，為人體提供營養物質，又能緩解因菌群失衡而引起的腹脹、腹瀉等癥狀；
2.雙歧桿菌：可以促進維生素D和鐵、蛋白質的吸收，還能抑制大腸埃希菌、沙門菌等致病菌的生長；
3.干酪乳桿菌：可以幫助降低血脂和膽固醇，抵抗腸道病菌，還能夠防止食物過敏和急性腹瀉；
4.酵母菌：可以幫助減少抗生素對人體的傷害，改善便秘，有助于避免腹脹發生的風險。
有害菌：
1.產氣莢膜桿菌：能分解細胞膜上的卵磷脂，損傷多種細胞的細胞膜，引起溶血、組織壞死、血管內皮細胞損傷，使血管通透性增高，透明質酸酶及膠原酶能破壞細胞間質，分解皮下組織和肌肉組織的膠原纖維，使組織崩解，有利于細菌及毒素的擴散。產氣莢膜桿菌是氣性壞疽的主要病原菌，并可引起厭氧性蜂窩織炎、泌尿系感染和食物中毒。
2.綠膿桿菌：能產生多種與毒力有關的物質，如內毒素、外毒素a、彈性蛋白酶、膠原酶、胰肽酶等，其中以外毒素a最為重要。感染后主要靶器官肝臟可出現細胞腫脹、脂肪變性及壞死；其他臟器病變有肺出血和腎臟壞死。綠膿桿菌感染可發生在人體任何部位和組織、常見于燒傷或創傷部位、中耳、角膜、尿道和呼吸道。也可引起心內膜炎、胃腸炎、膿胸甚至敗血癥。患者感染后可產生特異性抗體，有一定的抗感染作用。
