牙齦囊腫考慮是食物嵌塞、牙石或牙菌斑、牙齒的基礎疾病等原因導致，可以通過一般治療、藥物治療、手術治療等方法改善。
1、食物嵌塞：刷牙方法不正確，食物殘渣長期殘留或者尖銳的食物長期嵌入牙齦，就會引起炎癥，長期炎癥刺激會造成反應性增生。可以先進行基礎治療，如果嚴重可以將囊腫切除，并刮除相應部位的牙周膜組織。如果已經出現多次復發，需要將病變累及的牙齒一同拔除。局部治療的同時還需要口服甲硝唑片、替硝唑片、阿莫西林膠囊等藥物抗感染治療。
2、牙石或牙菌斑：平時不注意個人衛生，沒有養成良好的清潔牙齒習慣，會造成大量的牙石或牙菌斑，引起慢性炎癥，病情長時間發展，會形成牙齦囊腫，可以通過基礎的治療，比如齦上潔治術、齦下刮治術等逐漸恢復。
3、牙齒的基礎疾病：牙齒慢性的疾病，比如齲病、牙髓炎等，也會引起牙齦部位的慢性炎癥，長期慢性炎癥刺激導致囊腫，這種情況需要針對牙齒的基礎疾病進行治療，比如復合樹脂直接粘接修復術、嵌體修復術、根管治療術等。
除此以外，還可能是不良修復體刺激、內分泌改變等原因導致，同樣需要做好牙周的基礎治療和菌斑的控制，同時要保持口腔衛生，養成良好的刷牙習慣，注意保護好牙齦，盡量少吃或不吃尖銳的食物，避免損傷牙齦產生慢性炎癥。
