女生自閉癥治療還沒有特效藥，現用的藥物并非針對孤獨癥的核心癥狀，而主要是一些抗精神病藥物，用于治療焦慮、抑郁或強迫性精神障礙等。
1、第二代抗精神病藥物，如利培酮和阿立哌唑，僅可用于5~16歲兒童的孤獨癥藥物。藥物能改善患兒的自傷、攻擊和破壞行為，以及幻覺、妄想等精神病性癥狀。藥物常見鎮靜和椎體外系副作用，如肌緊張、震顫、僵直、流涎、運動遲緩、靜坐不能和急性張力障礙。
2、治療注意缺陷多動障礙藥物，常用藥物有哌甲酯和托莫西汀，適用于合并注意缺陷多動障礙的6歲以上患兒。
3、抗抑郁藥，對于抑郁、焦慮、強迫癥狀明顯的12歲以上患兒，醫生會酌情對癥治療，常用的藥物包括舍曲林、氯咪帕明等。
4、其他，抗過敏的藥物賽庚啶對孤獨癥癥狀也有所緩解。
治療的基本目標是改善核心癥狀，即促進患兒的語言發育，提高社會交往能力，矯正影響日常生活、學習和人際交往的刻板行為和不良行為，讓患兒掌握生活技能和學習技能。患兒接受治療越早越好，至少應在學齡前開始。當患兒到學齡期時語言交流能力和社交能力有所提高以后，部分患兒可以入讀普通小學，與同齡兒童一起接受教育，部分患兒仍需要繼續接受訓練和干預。
因此女生自閉治療應在專業醫生指導下進行。
