腎結核是慢性膀胱炎的常見原因，因此凡是無明顯原因的慢性膀胱炎，癥狀持續存在并逐漸加重伴有終末血尿，尤其是青壯年男性有慢性膀胱炎，尿培養無細菌生長抗菌藥物治療無明顯療效，附睪有硬節和伴慢性陰囊竇道者都應該考慮有腎結核的可能。
下列檢查有助于診斷：
一、尿檢查尿呈酸性。尿蛋白陽性有較多紅細胞和白細胞，尿沉淀涂片，抗酸染色約50%-70%的病例可找到抗酸桿菌，以清晨第一次尿的陽性率最高，至少連續檢查三次，若找到抗酸桿菌，不應作為診斷腎結核的唯一依據。
二、影像學診斷。包括b超、CT、核磁共振都檢查，對確診腎結核，判斷病變嚴重程度，決定治療方案非常重要。
三、膀胱鏡檢查，可見膀胱黏膜充血、水腫，淺黃色結節、結核性潰瘍、肉芽腫及瘢痕等病變，膀胱三角區和病側輸尿管口周圍較為明顯，結核性肉芽腫易誤診為腫瘤，必要時活組織檢查明確診斷。
延誤腎結核的診斷臨床上常有下列兩種情況，一是滿足于膀胱炎的診治，長時間使用一般抗感染的藥物，療效不佳時卻未進一步追查引起膀胱炎的原因；二發現男性生殖系統結核，尤其是附睪結核，而不了解男性生殖系統結核常與腎結核同時存在，未要做尿檢查和尿抗酸桿菌檢查，有時還用做靜脈尿路造影檢查。
