近幾年來，腸道疾病發病率呈上升趨勢，據統計，我國每100人中就有9人受到便秘困擾，其中絕大多數是沒有任何器質性原因的功能性便秘。主要表現是大便次數減少，糞便干燥或糞便不干，排出不暢。可伴隨腹脹、腹痛、食欲減退、反胃等癥狀。慢性便秘具有諸多危害，患者因排便費力和排便時間延長，會導致血壓急劇升高，容易誘發腦出血、心絞痛、急性心肌梗死等，嚴重時可出現排便時猝死。其次，便秘可引起或加重直腸肛門疾病，如肛裂、痔瘡、直腸炎、潰瘍、腸穿孔等，并可誘發大腸癌，據資料表明，嚴重便秘者的結腸癌發病率也明顯升高，可以達到10%。
慢性便秘的危害不僅于此，潴留體內的糞便毒素可引起胃腸神經功能紊亂，干擾大腦功能誘發失眠抑郁和焦慮，毒素的吸收也會引發痤瘡、黃褐斑、暗瘡等皮膚問題。由于每次長時間用力排便，引起會陰部血液循環不暢，導致性生活障礙，女性易發生痛經等。
傳統的功能性便秘主要使用不同類型的瀉藥刺激腸道，部分頑固性甚至不得不采取手術治療。這些以大黃蘆薈等刺激性瀉藥為主要成分的治療方法主要是對癥治療，只能臨時使用，如果長期服用副作用很大且治療效果十分有限，易造成腸道菌群失衡，出現藥物依賴，損害腸神經系統，腸道平滑肌萎縮，破壞腸蠕動功能，進一步加重便秘。而目前腸道微生態（使用益生菌等治療手段）治療慢性便秘的機制正在逐漸被揭示，研究發現便秘患者都存在著嚴重的腸道菌群紊亂，而且具有規律性，根據布氏法檢測，菌群紊亂程度和糞便的硬度也是密切相關。隨著年齡的增長，腸道菌群的種類和多樣性都出現明顯下降，便秘的發病率也在逐步提升，老年人中便秘患者可以達到百分之三十。人們發現通過服用益生菌制劑，甚至日常服用酸奶都對便秘癥狀有一定的改善作用。通過定期補充腸道有益菌，不僅發揮優化腸道菌群的作用，還能夠改善腸道的代謝環境，如幫助人體消化食物中的膳食纖維，促進結腸內食物殘渣發酵，使糞便質地軟化疏松，還可以增加短鏈和長鏈脂肪酸的生成吸收、促進5-羥色胺（5-HT）等神經遞質的生成及腸蠕動加強，從而進一步促進腸道的功能恢復。
近來國外有研究報道通過調節腸道菌群可以促進腸道多能神經干細胞再生，修復損傷的腸道神經，通過神經的修復可以促使結腸平滑肌恢復收縮能力，該研究為慢性頑固性便秘的治療帶來了治愈的希望。
通過改善腸道微生態治療便秘的適應人群很廣泛，而腸功能康復問題正越來越受到大家的關注如果患者沒有腸道器質性病變，無心血管疾病、糖尿病、神經系統疾病，經過多種治療途徑反復刺激腸道排便失敗者，都可以前往正規醫院開展腸道微生物組的檢測和分析，由專家進行鑒別診斷和對癥治療。目前上海市第十人民醫院微生態臨床研究與診治中心聯合普陀區人民醫院腸功能康復專科正在開展的以微生態治療為主的腸功能康復治療。可以根據便秘病人腸道菌群與正常人群菌群的差異，向患者腸道中補充相關益生菌制劑，使其有益菌群恢復正常，便秘的癥狀得到改善。益生菌制劑無毒無害，對腸道沒有損傷，通過對多菌種的復配也改變了以往單一菌群補充的局限性。目前微生態干預治療腸道疾病也已成為一種新的趨勢。
