陰莖根部疼可能是外傷、毛囊炎、前列腺炎、尿道結石、精索靜脈曲張等原因導致，可以通過物理療法、藥物治療、手術治療等方法治療。
1、外傷：
如果陰莖根部受到擠壓或撞擊，會引發組織受損，使男性出現局部疼痛，還會伴有明顯的腫脹。可以使用冰袋進行冰敷，能夠促進血管收縮，等到24小時后用熱毛巾熱敷，能夠使癥狀逐漸緩解。
2、毛囊炎：
不注意陰莖部位的衛生，會導致細菌侵入毛囊周圍而引發病變，受到炎癥刺激后會出現疼痛、丘疹、瘙癢等癥狀。可以遵從醫囑使用紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等藥物治療。
3、前列腺炎：
該疾病和病原體感染、性生活無規律有關，患病后會出現尿頻、尿急以及排尿痛，還會因為炎癥刺激而出現會陰部以及恥骨部疼痛，甚至會累及陰莖根部。可以在醫生指導下服用阿莫西林膠囊、鹽酸左氧氟沙星膠囊、鹽酸環丙沙星片等藥物治療。
4、尿道結石：
通常是代謝異常以及尿路狹窄導致，結石在排出的過程中會刺激尿道，使男性感覺陰莖根部疼痛，并伴有排尿困難、尿血等癥狀。可以在醫生操作下選擇尿道外口切開取石術、經會陰尿道切開取石術等手術治療。
5、精索靜脈曲張：
如果出現靜脈瓣功能不全或靜脈回流障礙，會導致精索蔓狀血管叢血液淤滯，使局部靜脈擴張后出現陰囊腫大、疼痛，甚至會影響陰莖根部。可以遵從醫囑服用地奧司明片、七葉皂苷鈉片、羥苯磺酸鈣膠囊等藥物治療。
男性在平時要注意休息，不可以進行劇烈的運動，也要暫時禁止性生活。
