吹氣檢查幽門螺桿菌，臨床上最常見的方法有碳十四呼氣試驗和碳十三呼氣試驗兩種。
由于碳十四非常穩定，因此經常作為標記物出現，在幽門螺桿菌碳十四呼氣實驗中，受檢者口服尿素碳十四膠囊后，如果胃中有幽門螺旋桿菌，其產生的尿素酶能迅速講尿素分解為二氧化碳和氨氣，二氧化碳經血液進入肺而排出體外，將排出的碳十四二氧化碳氣體帶有標記物收集后，在儀器上測量，即可判斷為胃內有無幽門螺旋桿菌。
碳十四呼氣試驗測量的標準值，為0至100dpm毫摩爾二氧化碳值，小于100dpm為陰性，大于100則為陽性，表明有幽門螺旋桿菌的感染。
因為幽門螺旋桿菌有尿素酶，當它在胃內遇到吞下的碳十三尿素，就會把它分解成碳十三二氧化碳，碳十三二氧化經腸胃吸收進血液循環到達肺后，隨呼吸排出，只要收集呼出的氣體測定其中的碳十三標記的碳十三二氧化碳，就能準確地證明有沒有幽門螺旋桿菌感染。
正常人沒有幽門螺旋桿菌，碳十三尿素不分解，碳十三尿素經泌尿系統排出，呼出的氣體中就沒有碳十三二氧化碳，而幽門螺旋桿菌感染者體內有幽門螺旋桿菌，能夠將碳十三尿素分解，所以呼出的氣體中就有碳十三二氧化碳。碳十三二氧化碳檢測的正常值為0至4dpm毫摩爾二氧化碳值，小于4為陰性，大于4為陽性，表明有幽門螺旋桿菌感染。
