一般尿液中出現磷酸鹽如果沒有臨床癥狀是不需要治療的，如果存在尿路感染的癥狀，那么就需要進行治療。
磷酸鹽尿主要是平常飲食食物中含有的嘌呤物質較多，致使尿液中尿內晶體濃度增高 ，正常尿中常含有多種晶體鹽類，如磷酸鹽、尿酸鹽等。這些晶體鹽類與尿中的膠質物質如粘蛋白類和核酸維持相對平衡。若晶體鹽類濃度增高或粘多糖類發生量或質的異常，乃造成晶體與膠體的平衡失調，晶體物質即可析出沉淀，形成結石。當脫水尿量減少、尿濃縮時，尿中晶體鹽類濃度增高，尿結石的發生率增加。一般結石較小的話可隨尿液排出體外，如果較大可根據醫生建議口服排石顆粒，泌石通顆粒和消炎類藥物坦索羅辛膠囊舒張輸尿管壁來排出體外。適當的飲食清淡，多喝水，多吃蔬菜水果等食物，調整飲食結構以后就能夠好轉。
泌尿系統感染后的細菌代謝出來的產物磷酸鹽，往往是因為免疫力低下而導致的。這樣的患者需要及時的看見，對癥治療的同時也要注意休息，多運動，均衡飲食，以提高免疫力。至于這種疾病，建議使用致病菌敏感的抗生素，一般首選革蘭氏陰性桿菌有效的抗生素：左氧氟沙星片、甲硝唑片等藥物進行治療，在抗炎對癥治療的同時，建議這樣的患者多喝水，多喝水會產生更多的尿液，有助于將血瘀體內的細菌及炎癥物質排出體外，以幫助病情的恢復。
