肛周膿腫手術后常見的后遺癥包括：
第一、創面出血，出血的原因包括切口出血，在膿腫為急性炎癥期組織充血水腫，切開后容易出血，還有就是膿腔壁滲血。除了局部炎癥充血外，切開后膿腔內受壓的血管，突然擴張容易出現滲血。如果有血管損傷也可以出現創面出血，在切開坐骨直腸間隙膿腫或者骨盆直腸間隙膿腫時頓性分離膿腔的纖維間隔，如果盲目使用暴力，誤將血管撕開或者拉斷易造成大出血。
創面出血的常見表現是切口出血和膿腔壁滲血，出血量一般不大，可見切口敷料被血液滲透或者更多。大出血除切口出血量大且迅速外，全身可有失血性休克的表現。
第二、常見的后遺癥是形成瘺管，如果膿腫長期不愈容易形成瘺管，主要原因是膿腔未從底部向外愈合而皮膚先愈合。大部膿腔不能閉合而形成瘺管，表現為反復感染病輕度污染內褲，檢查肛門部皮膚有瘺口，指向肛門方向有硬性條索，處理可行瘺管切開或者掛線療法，防范措施是膿腫切開后注意不讓皮膚首先愈合，而讓膿腔肉芽從底部向外生長。
第三、常見的后遺癥是直腸陰道瘺，可以是肛門直腸膿腫的并發癥也可能是膿腫切開或者換藥時的并發癥，表現為陰道內流出糞便，直腸指診在直腸陰道之間有一個通道。處理的方法，由于直腸陰道瘺大多在肛管直腸環平面以下，可切除瘺管。一期縫合瘺口或經肛門剔出上皮化的瘺管有厚的直腸粘膜瓣關閉缺損，同時應用有效的抗生素。
