病毒性腦炎所致精神障礙應以病因治療為主，在此基礎上進行對癥治療。
1.一般支持治療：應鼓勵病人進食或鼻飼高質量蛋白質食物，應補充足夠的補充維生素C及B族維生素，及時糾正水、電解質及酸堿平衡失調，防治褥瘡及肺部、泌尿系統感染。
2.抗病毒治療：可試用抗病毒藥物如阿糖胞苷、阿糖腺苷等。
3.使用腎上腺皮質激素：腎上腺皮質激素具有減輕炎癥，抑制自身免疫反應，維持血腦屏障的完整性，穩定溶酶體膜，不使細胞自溶和壞死，以及降低毛細血管的通透性，減輕腦水腫，降低顱內壓等作用。因而，使用激素不僅能緩解全身中毒癥狀，而且更重要的是能減輕神經組織的損害，使用激素時應注意禁忌證及副作用，繼發細菌感染時可適當加用抗生素。
4.神經細胞活化劑的應用：如胞二磷膽堿500到1000毫克加入5%的葡萄糖溶液中靜脈滴注，每天一次。同時，還可輔以ATP、輔酶A、細胞色素C、肌苷、腦活素等。
5.對癥治療：高熱者可采用物理降溫，顱內壓增高者可使用高滲性脫水劑如甘露醇，必要時也可肌肉或靜脈注射速尿。抽搐者應予以脫水、止痙、激素，必要時進行人工冬眠治療，精神癥狀明顯者，可給予小劑量抗精神病藥物。
6.其他：中醫中藥治療，高壓氧治療等，慢性期及后遺癥期應進行特殊教育、勞動訓練和功能鍛煉，以促進康復。
