妊娠合并結石首選保守治療，應根據結石的大小，梗阻的部位，是否存在感染，有無腎實質損害，以及臨床癥狀來確定治療方法。原則上對于結石較小，沒有引起嚴重腎功能損害者采用綜合排石治療。包括多飲水，適當增加活動量，輸液利尿、解痙、止痛和抗感染的措施。促進結石排出，對于妊娠的結石患者，保持尿流通暢是治療的主要目的，通過局麻下經皮腎穿刺造瘺，置入雙進管或輸尿管支架等方法引流尿液，協助結石排出，或為以后治療結石爭取時間。
妊娠期間，麻醉和手術的危險很難評估。妊娠前三個月全麻會導致胎兒的畸形率增加，但是一般認為這種機會很少，提倡局麻下留置輸尿管支架。腎積水并感染積液者，妊娠22周前在局麻超聲引導下，進行經皮腎造瘺術為最佳的選擇，引流同時可進行細菌培養指導治療，與留置輸尿管支架管一樣，經皮腎穿刺造瘺也可避免在妊娠期進行，對妊娠影響較大的碎石和取石治療。
有30%的患者經保守治療失敗或結石梗阻，并發嚴重感染、急性腎衰竭而終止需要手術治療。妊娠合并結石，不宜進行體外沖擊波碎石、經皮腎鏡治療，有報道，妊娠合并結石的患者進行手術，包括經皮腎穿刺造瘺記錄雙進管和輸尿管支架腎切除，腎盂輸尿管切開取石、輸尿管鏡取石和碎石，甚至經皮腎鏡取石術。但是如果出現并發癥，極難處理一般不提倡創傷較大的治療方法。
