?由于對短腸綜合征代謝變化的充分認識，以及日趨成熟的營養支持治療和促代償措施，本病的治療效果較以往已大為改善。在術后最初幾天，首先需治療的是由于嚴重腹瀉而導致的脫水、低血容量、電解質紊亂及酸堿失調。根據生命體征、動脈血氣分析及血電解質測定結果，確定靜脈補充晶、膠體溶液量及電解質量。
若有代謝性酸中毒，應補充5％碳酸氫鈉溶液以糾正之。待病人循環,呼吸等生命體征穩定后，則應盡早開始全腸外營養(TPN)支持，以補充病人所必需的營養物質，包括能量物質、蛋白質合成的原料、各種電解質及維生素等。目前的TPN已能滿足機體的需要，并發癥也不多,因此已被廣泛應用。
病情漸趨穩定后，可以開始經口攝食。先以單純的鹽溶液或糖溶液，逐步增量。隨腸代償的過程，可逐步過渡到離碳水化合物、高蛋白、低脂肪、低渣飲食。經口攝食所不足的那一部分，仍需經腸外營養途徑補充。
可選用專用于短腸綜合征者的腸內營養制劑。有些特殊物質對小腸功能的代償具有顯著促進作用，如谷氨酰胺、短鏈脂肪酸、纖維素、生長激素及胰島素樣生長因子等，都已開始臨床應用。
短腸綜合征的手術治療方面，小腸移植術雖被認為是短腸綜合征最徹底的治療方法，但由于移植術后嚴重的排斥反應至今尚難克服，因此目前還無法廣泛用于臨床，盡量避免過多切除小腸是預防斷腸綜合征發生的關鍵。
