第一，治療原則。應注意營養，使用多含蛋白質、維生素和鐵質的食物，對用抗結核藥物治療，方法基本上同結核性腹膜炎，療程1到1.5年，腫大的淋巴結壓迫腹腔內器官，產生相應的癥狀。
經內科治療無效時，可考慮外科手術治療，解除壓迫。感染壞死的淋巴結可將干酪樣物質剔除，其余未產生壓迫癥狀的淋巴結一般不予處理。
二，抗結核治療。抗結核藥物治療的選擇對結核性腸系膜淋巴結炎的處理類似其它部位的結核，但療程必須在1到1.5年，對初治病例鏈霉素、異煙肼，吡嗪酰胺和利福平等一線藥物為首選。
為了延緩和防止耐藥物性的產生，目前強調兩到三種藥物聯合治療，用利福平、異煙肼以及鏈霉素合并治療六個月后，復發率只有3%，若為繼發性結核腸系膜淋巴結炎，病人可曾接受抗結核藥物治療，對一線藥物產生一定的耐藥性，可考慮的二線藥物，如乙胺丁醇，乙硫酰氨、卡那霉素、紅絲霉素等。
三，對癥治療。腹瀉可用止瀉藥，如蒙脫石散，堿式碳酸鉍等，腹痛給予顛茄片、阿托品等治療，嚴重者可輸注液體及鉀鹽。不完全性腸梗阻者，除上述對癥治療外，應行胃腸減壓。
四，剖腹探查，本病常疑為急性闌尾炎而是先手術，術中可以發現闌尾多屬正常，但腸系膜淋巴結多數有腫大，腹腔中有少量積液，此時可照例予以闌尾切除，淋巴結可摘除一枚做活組織檢查，縫合腹腔但不予以引流，患者大多可以痊愈。
