霉菌性陰道炎的治療包含以下幾點：
第一是消除誘因，及時停用廣譜抗生素，雌激素類的藥物，積極治療糖尿病。
第二是單純性的霉菌性陰道炎治療。常采用唑類的抗真菌類藥物，可分為局部用藥和全身用藥，局部用藥可選用克霉唑試劑或者是咪康唑試劑或者是制霉菌素制劑，全身的治療就對于未婚的婦女或者是不宜采用局部用藥者可以選用口服的藥物，常用的藥物是氟康唑膠囊。
第三是復雜性霉菌性陰道炎。復雜霉菌性陰道炎包括重度的霉菌性陰道炎和復發性的霉菌性陰道炎，重度的霉菌性陰道炎是在單純性霉菌性陰道炎治療的基礎上延長多一個療程的治療時間，用口服的或局部用藥一日療法的方案可以在七小時以后加用一次，若為局部用藥是三到七日的方案可以延長為七到十四日。
第四是復發性霉菌性陰道炎。一年內有癥狀并且經過細菌學證實的霉菌性陰道炎發作四次或者以上稱為復發性霉菌性陰道炎，治療重點在于積極尋找并去除誘因，預防復發，抗真菌的治療分為強化治療和鞏固治療，強化治療是在單純性霉菌性陰道炎治療的基礎上延長多一個或兩個療程的治療的時間，鞏固治療目前沒有成熟的方案，可以口服氟康唑150毫克每日一次，連用六個月，也可以根據復發的規律每個月給一個療程的局部用藥連用六個月左右。
第五妊娠期的霉菌性陰道炎。以局部用藥為主，以小劑量長療程的為佳，但是不能口服唑類的抗真菌的藥物，如果合并有宮頸糜爛，在陰道炎控制以后可以先做宮頸篩查，包括宮頸細胞學檢查和hpv檢測，必要時行陰道鏡檢查，根據檢查的結果再決定進一步的治療的方案。
