首先這兩種疾病都是腦梗死的常見的形式，它們的區別在哪：
第一從發病年齡來說，腦血栓形成主要是六十歲以上比較常見，而腦栓塞主要見于青壯年。
第二個的常見病因，腦血栓為動脈粥樣硬化，而腦栓塞主要的疾病為各種心臟疾病，包括心律失常、心房顫動、心房撲動等等，還包括心臟的瓣膜疾病。
另外一個，TIA的發作時，腦血栓形成在TIA發作時比較常見；而腦栓塞比較少見。起病時的狀態，腦血栓多在靜態時起病；而腦栓塞一般不定，多由靜態到動態時起病。起病的腦血栓形成，是以時和日為計算單位，而腦栓塞以數秒或者數分為起病，它是腦梗死里面最急和最快的一種腦梗死。
意識障礙，腦血栓形成，沒有意識障礙或者比較輕度，除非是患者是一個大面積的腦梗的時候，可能會出現意識障礙；腦栓塞的意識障礙比較少見，而且短暫，但是在大面積的腦梗死的時候，也會出現意識障礙。
腦血栓形成的一般沒有頭痛，而且腦栓塞頭痛比較少見，嘔吐、腦栓塞和那個腦血栓形成都比較少見。對于血壓，腦血栓形成的血壓比較正常或者增高；而腦栓塞一般正常，兩個瞳孔就是在腦血栓和形成腦栓塞的時候，都是正常的。另外眼底的病變，腦血栓的時候，它是動脈硬化，而腦栓塞的眼底主要可見動脈的栓塞。偏癱是腦血栓形成和腦栓塞都多見，腦膜刺激征都沒有。
腦脊液檢查兩個都是正常的。CT檢查是腦血栓形成，可以在腦內形成低密度灶；腦栓塞也可以在腦內形成低密度灶。但是如果說是腦栓塞，有一部分患者可以是一個出血性腦栓塞，也可以出現頭CT的一個高密度影。
