小陰莖的病因一般有：
第一，促性腺激素分泌不足性腺功能減退。
第二，出現(xiàn)促性腺激素分泌過(guò)多，性腺功能減退。
第三，原發(fā)性的小陰莖，對(duì)于促性腺激素分泌不足的性腺功能減退，一般有異位性腦組織結(jié)構(gòu)的異常，無(wú)腦畸形患兒，無(wú)下丘腦分泌功能，即使腦垂體發(fā)育正常。由于沒(méi)有促性腺激素釋放激素會(huì)使睪酮分泌減少，造成小陰莖。
另外先天性的腦垂體不發(fā)育也可以造成性激素缺乏而引起小陰莖，促性腺激素分泌過(guò)多導(dǎo)致性腺功能減退，這類病人下丘腦和垂體分泌功能正常。只是在妊娠后期睪丸出現(xiàn)退行性性變致睪酮分泌減少，通過(guò)反饋途徑而導(dǎo)致出現(xiàn)激素分泌過(guò)多。
引起小陰莖的原因主要是在睪丸本身，比如先天性睪丸缺如，睪丸下降不全等。
另外原發(fā)性的小陰莖是指除了上述原因外，有一小部分的病人下丘腦垂體和睪丸的激素分泌正常伴有小陰莖的畸形，推測(cè)有可能是胚胎后期促性腺激素刺激延遲，一過(guò)性的睪酮分泌下降的原因?qū)е碌模硗庖恍┬匀旧w的異常都會(huì)造成小陰莖。
