1，對癥治療，腹瀉伴有嘔吐或腹痛劇烈者，可予阿托品類藥物，但慎用或禁用阿片制劑，因其能強烈抑制腸蠕動，使腸毒素易被吸收而加重中毒或誘發中毒性巨結腸。也可使用腸黏膜保護制劑如思密達等，可吸附病原菌和毒素，并能通過與腸道黏液分子間的相互作用，增強黏液屏障，以防御病原菌的侵入。另外黃連素具有良好的收斂和輕微抑菌作用，對于細菌性腹瀉有一定作用。
2，液體療法：
（1）口服補液療法（ORT）
（2）靜脈補液療法
3，抗生素治療，不同病原菌所使用抗生素不同，耶爾森菌感染的輕癥患者多為自限性，不必用抗生素治療，重癥或并發敗血癥者根據藥物敏感試驗選用，療程2～3天，該菌一般對氨基糖甙類抗生素、青霉素、氯霉素、磺胺類和氟喹諾酮類等敏感。腸侵襲性、致病性或產腸毒素性大腸桿菌引起的腹瀉一般可選用氟喹諾酮類藥物口服，療程 3～5天。
4，微生態療法，常用制劑有益生菌和益生元。
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