第一個是全身應用藥物，全身用藥，初次治療，可以選擇甲硝唑2g單次口服或者是替硝唑2g單次口服，或者是甲硝唑四百毫克，每日兩次，連服七日，口服藥物的治愈率大概是90%到95%，服藥以后偶有胃腸道反應，比如說食欲減退、惡心、嘔吐，此外有頭痛、皮疹、白細胞減少等，這個比較少見，但是一旦發現，應該立即停藥。甲硝唑用藥期間一停藥24小時以內，替硝唑用藥期間以及停藥72小時以內，這個時間段禁止飲酒，哺乳期用藥不易哺乳。
第二個是性伴侶的治療，滴蟲性陰道炎主要是性傳播，性伴侶應該同時治療，并告知患者以及性伴侶治愈期間，治愈以前，應該避免無保護性交。
第三個就是隨訪以及治療失敗的處理，此病的患者再感染的發生率非常高，可以考慮對患有滴蟲性陰道炎的活躍的女性，性活躍的女性在最初感染三個月以，后應該進行重新的篩查，對于甲硝唑2g口服治療失敗，且排除再次感染的，應該增加甲硝唑的療程以及劑量，往往是比較有效的。
治療期間應該注意有復發癥狀的病例，多數為重復感染，為避免的重復感染，內褲以及毛巾應該煮沸五到十分鐘以消滅病原體，對性伴侶進行治療，因為滴蟲性陰道炎可以合并其他的性傳播疾病，應該注意檢查有沒有其他的性傳播疾病。
