結(jié)腸炎的診斷，要根據(jù)病史，典型癥狀，體格檢查和各項(xiàng)輔助檢查，如實(shí)驗(yàn)室檢查，影像學(xué)檢查，結(jié)腸鏡檢查，組織細(xì)胞學(xué)檢查等結(jié)果，做出診斷。診斷依據(jù)為:
一，腹痛伴有里急后重，持續(xù)或反復(fù)發(fā)作的腹瀉，排黏液膿血便，患者按特征性腸炎治療無(wú)效。
二，多次糞便常規(guī)檢查，及培養(yǎng)未發(fā)現(xiàn)病原體。
三，X線鋇灌腸，顯示腸黏膜粗糙水腫、多發(fā)細(xì)小充盈缺損、顆粒樣或結(jié)節(jié)樣，皺襞粗大、紊亂，腸壁呈鋸齒狀，后期則示腸管變短、僵硬，結(jié)腸袋消失，鉛管狀。
四，結(jié)腸鏡檢查，發(fā)現(xiàn)病變部位彌漫性充血、水腫、糜爛、潰瘍，脆性增加，表面常伴有膿性分泌物及血液，多發(fā)性假息肉及腸腔狹窄、橋形黏膜，結(jié)腸袋變淺或消失。
五，病理活檢，可見黏膜有單核細(xì)胞浸潤(rùn)為主的炎癥、糜爛、潰瘍，尚可見隱窩炎、隱窩膿腫，同時(shí)有腺體排列紊亂、萎縮，杯狀細(xì)胞減少等特點(diǎn)。
