子宮內膜異位癥病因目前尚不清楚，主要有以下幾種學說：
第一種是種植學說，傳播的途徑主要包括以下三點：一、經血逆流；二、淋巴以及靜脈的播散；三、醫源性的種植的，醫源性的種植就包括腹部切口和分娩后的會陰切口出現內膜異位癥，可能是由于手術時將子宮內膜帶到切口直接種植導致。
第二種學說就是體腔上皮化生學說，認為卵巢表面的就是上皮，盆腔腹膜均是由胚胎期高度化生潛能的體腔上皮分化而來。
第三就是誘導學說，就是由于未分化的腹膜組織在內源性的生物化學因素的誘導下，可以發展成為子宮內膜組織，種植的內膜可以釋放化學物質誘導未分化的間充質形成了子宮內膜異位組織。
子宮內膜異位癥的形成可能還有下列的因素有關：
第一是遺傳的因素，內異癥具有一定的家族聚集性，可能與遺傳有關。
第二就是免疫與炎性的因素，免疫調節異常在子宮內膜異位癥的發生發展各環節也取得非常重要的作用。
第三就是其他因素，國內有些學者提出在位內膜的決定論，認為就是在位的子宮內膜的生物的特性是內異癥發生的決定的因素，如果局部微環境的改變，可以影響內異癥患者在位的子宮內膜的特性，如黏附性，侵襲性，刺激形成血管的能力均比非內異癥患者的在位的子宮內膜要強，環境因素也與子宮內膜異位癥有一種存在的潛在的聯系。
另外，血管生成因素也可能參與內異癥的發生，有些患者腹腔液中VECF等血管生成因子增多，使盆腔微血管生長增加，也易于異位子宮內膜的種植生長。
