霉菌性陰道炎一般用抗真菌的藥能治好，以局部用藥為主，也可以選擇全身的用藥。
局部用藥常選擇的藥物有咪康唑制劑、克霉唑制劑等等，口服的藥物有氟康唑，一般選擇50ml頓服。對于沒有性生活史的女性，或者是不適合局部用藥者，常選擇全身的用藥。
一般的治療，一個療程結束以后，7-14天要到院去復查，以評價治療的效果，必要時再給予一到兩療程的治療。對于嚴重性的霉菌性陰道炎或者是復發性的霉菌性陰道炎要進行強化治療以及鞏固治療。
一般的霉菌性陰道炎是一種內源性的感染，對于男方性伴侶沒有癥狀者不需要進行常規治療。如果有癥狀要及時的進行整治，以免使女方產生重復的感染，影響治療的效果。
如果是反復治療不愈的，也就是復發性的霉菌性陰道炎。建議在治療期間要做陰道分泌物的培養加藥敏，選擇敏感的藥物進行治療。一般復發性的霉菌性陰道炎，在強化治療以后進行鞏固治療。目前沒有一種成熟的鞏固治療的方案。
如果采取全身用藥，就是最起碼在半年之內，每周口服氟康唑膠囊150mg一次。如果采取局部用藥者，在每個月的容易復發的時間治療一個療程，一般連用六個月。
在治療期間要嚴密地監測肝功能的情況，如果肝功能異常，建議停藥，副作用消失以后再選擇其他的藥物進行治療。
