抽動癥需要與癲癇、多動癥、痙攣性斜頸、自身免疫性腦炎等疾病相鑒別。
抽動癥與肌陣攣性癲癇：都表現為面部及肌體肌群的突發性抽動，且反復發作，但是抽動癥的抽動頻率快，用意志可以短暫控制，發作頻率與精神情緒有一定的關系，智力大多正常，腦電圖也無特異性改變。而肌陣攣性癲癇發作時表現為頭下彎，雙上肢屈曲，兩大腿向腹部屈曲，抽動的頻率慢，用意志不能控制，發作頻繁者智力常常受影響，且腦電圖會有異常，可見癲癇波。
抽動癥和多動癥的區別：抽動癥指的是身體上的一些癥狀，包括挑眉毛、擠眉弄眼、聳肩、清鼻子、清嗓子、抖肩、抖腿等，多動癥指的是孩子閑不住，比如說上課不注意聽講，但是他沒有一個具體身體上的動作，所以抽動癥和多動癥完全不是一個病。
抽動癥與痙攣性斜頸的區別：痙攣性斜頸發作時頭向一側傾斜，來回抽動，持續10分鐘左右，間歇期無癥狀，數日或數周后可以再重復發作。而抽動癥則合并其他部位的抽動，且速度快，病程長可以反復發作。
抽動癥與自身免疫性腦炎的區別：有些腦炎患兒以發作性擠眉弄眼、肢體及軀干的抽動伴有咒罵而就診，癥狀與抽動癥非常相似。但同時伴有腦炎的相應癥狀，如高熱、頭痛、嘔吐呈噴射性等等。查體可見病理反射陽性，腦脊液有相應變化，腦電圖異常。可以鑒別。
