兒童少年精神分裂癥的確切病因未明，現有研究提示有以下幾個致病因素：
（一）遺傳因素：精神分裂癥的遺傳度高達85%，兒童少年精神分裂癥有陽性家族史的比例高于成人。研究發現，少年前期精神分裂癥中雙卵雙生子的同病率為17.1%，單卵性雙生子則高達70.6%。該病致病基因尚不明確。
（二）神經生理因素
1.多巴胺活動過度研究發現精神分裂癥患者的中腦的邊緣系統通路多巴胺含量升高，提出該病與多巴胺活動過度、患者體內多巴胺受體敏感性增高有關。
2，谷氨酸有許多研究提示精神分裂癥的多巴胺異常是繼發于谷氨酸能神經調節紊亂的基礎之上的，且絕大多數精神分裂癥的易感基因都與谷氨酸的傳遞有關。
3.另外氨基丁酸5-羥色胺也起重要作用
（三）腦影像異常：隨著功能磁共振、單光子發射體層攝影和正電子發射體層攝影的發展與應用，精神分裂癥患者的某些腦區如海馬、額葉、顳葉、邊緣區等體積縮小、密度改變、皮層厚度變薄等。
（四）環境及社會心理因素：盡管環境及社會心理因素對精神分裂癥的致病作用很小，但不少研究提示圍產期異常、生長發育異常的兒童患該病的比例大；社會階層低、居住條件惡劣、社會隔離及生活事件和困難多的群體患病的比例大；而患者的個性、社會支持等又與疾病的病程和預后相關。不能斷言環境及社會心理因素是疾病的致病因素，但它確實一定程度上影響了疾病的發展與轉歸。
