(1)繼發性肝癌：繼發性肝癌與原發性肝癌比較，前者病情發展緩慢，癥狀較輕，常表現為多個結節型病灶，除少數原發癌在消化道者AFP可陽性外，一般為陰性。
(2)肝硬化：肝癌多發生在肝硬化的基礎上。如果肝硬化病人出現進行性肝腫大，質硬而有結節，影像學診斷揭示占位病變，應反復檢測AFP，嚴密觀察。
(3)活動性肝病：以下幾點有助于肝癌與活動性肝病的鑒別：
①AFP甲胎球蛋白檢查和SGPT谷丙轉氨酶必須同時檢測，如二者動態曲線平行或同步升高，或SGPT持續升高至正常的數倍，則活動性肝病的可能性大；如二者曲線分離，AFP升高,SGPT正常或降低，則應多考慮原發性肝癌。
②影像學檢查以B超為主，應反復動態觀察，可配合CT和MRI(核磁共振)。
③必要時在B超下進行細針肝活檢。
(4)肝膿腫：發病急，有感染中毒癥狀，肝區叩擊痛和觸痛明顯，左上腹肌緊張，白細胞數常升高，B超可以探得肝內液平面。
(5)肝臟良性占位：肝血管瘤、多囊肝、肝包蟲病等可用AFP、核素血池掃描和超聲、CT等幫助診斷。肝腺瘤以女性發病較多，常有口服避孕藥史而無肝病史。AFP多陰性，99mTc、MPI呈強陽性顯象，則有較特異診斷價值。
(6)鄰近肝區的肝外腫瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜后腫瘤，來自腎、腎上腺、結腸等處的腫瘤，可在上腹部出現腫塊，其鑒別主要靠影像學診斷和AFP，必要時需剖腹探查。
